Pokémon der Film - Mewtu v.s. Mew (+Fortsetzung Mewtu kehrt zurück)

Der Film spielt von der Handlung her zwischen den Folgen 69 und 70.
Das Abenteuer beginnt, als das mächtige Pokémon Mewtu aus einem mysteriösen Labor flieht und es zerstört - Mewtu erfuhr nämlich, dass es aus dem genetischen Code von Mew, dem Urvater aller Pokémon, geschaffen wurde. Unter allen Umständen will Mewtu beweisen, dass es das stärkste Pokémon ist, das es je auf der Welt gab und ein Klon stärker sein kann als sein Original. Dafür erschafft es einen Turm mitten in der hohen See, entführt Schwester Joy, damit sie Ash, seine Freunde und andere starke Trainer herbeilocken kann, mit der Aufforderung, sich zu einem Turm mitten im Meer zu begeben und dort zu kämpfen. Natürlich will Team Rocket dabei sein und versucht ebenfalls, mit einem kleinen Wikingerschiff und verkleidet als Nordmänner mit den „Knirpsen“ auf die Insel zu kommen. Dabei werden sie von einem Mew verfolgt, bemerken dies jedoch nicht. Auf der Insel geht inzwischen plötzlich ein Kampf los. Mewtu fängt die Pokémon der Trainer mit merkwürdigen, schwarzen Pokébällen ein und klont sie. Ash versucht tapfer, Pikachu vor den Bällen zu beschützen, die Mewtu wirft, um die Pokémon einzufangen und kann dabei auch seine anderen Pokémon aus einer Klonmaschine holen, doch alle sind bereits geklont worden. Jetzt beginnt ein Kampf zwischen echten Pokémon und Klonen, der auch andauert, als Mew erscheint und sich mit Mewtu duelliert. Ash hat irgendwann genug und wirft sich zwischen Mew und Mewtu, wobei er von den Attacken beider Pokémon getötet wird und zu Stein erstarrt. Pikachu bemerkt dies und versucht zuerst Ash mit Donnerschocks zu wecken. Es hilft nicht und Pikachu fängt an zu weinen. Alle anderen Pokémon beenden den Kampf und weinen mit. Dadurch erwacht Ash wieder zum neuem Leben, da Pokémon-Tränen der Legende nach heilende Wirkung haben. Mewtu hat inzwischen nachgedacht und begriffen und flieht mit Mew sowie seinen Pokémon-Klonen von der Insel, nicht ohne vorher das Gedächtnis aller zu löschen. Der Turm verschwindet und die Trainer werden wieder an ihren Anfangsstandort gebracht. Am Ende sieht Ash Mew wegfliegen.

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Nach dem Abenteuer auf New Island sind Mewtu und die Klone auf die Insel im See der Reinheit auf dem Berg Quena geflohen. Giovanni, der sich als einziger noch an Mewtu erinnern kann, will sich ihn zurückholen. Dafür engagiert er eine besondere Team Rocket-Agentin.
Währenddessen befinden sich Ash, Rocko und Misty in der Nähe vom Tal der Reinheit, doch der letzte Bus dahin ist abgefahren. Luna Carson lädt die drei in eine Hütte ein, die speziell für die auf den Bus wartenden Gäste ist. Kurz darauf erscheinen auch der Forscher Cullen Calix und Domino in der Hütte und noch mal kurz darauf Team Rocket, die Pikachu mitnehmen und auf ihrem Ballon zum Quena fliegen. Ash & Co. klettern auf den Berg, um Pikachu zurückzuholen. Sie halten sich an einem Seil des Ballons fest und fliegen mit. Domino sendet Röntgenbilder aus einer Höhle, die Mewtu zeigen, an Giovanni, welcher ebenfalls am Quena ist. Sie präsentiert sich im Ballon als die Schwarze Tulpe. Daraufhin sticht sie in den Ballon, so dass er umherwirbelt und Ash & Co. im See landen. Team Rocket landet auf der Insel. Das Klon-Pikachu will sein Original davon abhalten, Team Rocket anzugreifen, indem es gegen es kämpfen will, doch Mewtu hält seinen Schützling davon ab. Sie bemerken die Helikopter von Team Rocket und Klon-Pikachu fordert die anderen Kopien auf, den Ort zu verlassen. Mewtu stellt sich die Frage, ob er sie gehen lassen soll oder zwingen hierzubleiben. Währenddessen erreichen Ash & Co. die Quelle des Sees. Ein Rocket-Helikopter fliegt ans Ufer des Sees, wo auch die Klone sind, und fängt sie ein. Die beiden Pikachus und Mauzis laufen weg, werden aber weiter verfolgt. Gerade als es brenzlig für sie wird, kommt Mewtu und befreit die gefangenen Pokémon. Aus dem Helikopter erscheinen Giovanni und Domino. Als sie seine Stärke erkennen, läuten sie Phase 2 der Operation ein.
Domino fängt alle Klone auf der Insel und sperrt sie ein. Mewtu fliegt auf die Insel, um sie zu verteidigen. Um sie zu beschützen, begibt er in das Kraftfeld von Giovannis Maschinen. Team Rocket beginnt, eine Basis auf der Insel zu bauen. Allerdings werden sie von Käfer-Pokémon gestört. Die Basis explodiert und legt das Gefängnis frei, in dem Ash und seine Freunde eingesperrt sind. Sie eilen zu Mewtu. Er zerstört mit seinem Willen das Kraftfeld, verletzt sich dabei jedoch auch selbst schwer. Die Klonpokémon kämpfen gegen Team Rocket, damit Ash Mewtu zur Quelle bringen kann. Ash wirft es ins Wasser, wonach es, wieder zu Kräften gekommen, Giovanni besiegt. Mewtu verlegt die Quelle, die Pokémon, Ash, Misty, Rocko, Jessie und James unter den Berg. Diesmal vernichtet es nur die Erinnerungen von Team Rocket.

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